A fost inaugurat la data de 24 ianuarie 1939, cu ocazia celei de-a 80-a aniversarea a Unirii Principatelor Romana, in casa care a apartinut familiei Cuza si unde Alexandru Ioan Cuza a trait in perioada in care a fost parcalabul Galatiului.
Activitatea stiintifica a muzelui a reinceput in 1951-1952, cand a demarat organizarea stiintifica a colectiilor. In 1956, obiectele din colectii au fost separate; astfel o parte dintre ele au format colectiile Muzeului de Stiinte ale Naturii, iar o alta, colectiile Muzeului de Arta.
Treptat, colectia Muzeului de Istorie s-a marit prin noi achizitii si cercetari arheologice realizate in partea sudica a Moldovei, in principal la castrul roman de la Tirighina-Barbosi, ajungand acum la un patrimoniu de peste 50.000 de exponate, unele fiind de o importanta exceptionala.